Theo nhà thờ tự, Hồng Nguyên sinh năm 1924 (một số tài liệu khác ghi là 1920 hoặc 1922) tại làng Đức Thọ Vạn, tổng Thọ Hạc, phủ Đông Sơn, nay thuộc phường Trường Thi, thành phố Thanh Hóa[1]. Ông theo học Collège de Thanh Hoa (nay là Trường Trung học phổ thông chuyên Lam Sơn), tham gia cách mạng từ năm 1939 và trở thành thành viên của Hội truyền bá Quốc ngữ, một tổ chức hoạt động công khai của Đảng Cộng sản Việt Nam. Sau cách mạng, Hồng Nguyên gia nhập quân đội. Năm 1946, ông trở thành Ủy viên Ban chấp hành Hội văn hóa cứu quốc Liên khu IV.

Cuối năm 1947, Hồng Nguyên bị bệnh lao phổi phải điều trị tại bệnh viện tỉnh đặt ở Hà Lũng, huyện Thọ Xuân. Ông mất năm 1951 (có tài liệu ghi là 1952 hoặc 1954)[2], khi đang làm Trưởng ty văn hóa tỉnh Thanh Hóa.